Subfilo Cephalochordata
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Por serem animais filtradores, os anfioxos filtram toda a água que atravessa suas fendas branquiais. Ao atravessar as fendas, a água cai no átrio e então é eliminada pelo atrióporo. Quando há partículas de alimentos presentes na água filtrada, essas partículas grudam no muco produzido pelo endóstilo, que se localiza na faringe do animal. Assim, partículas de alimentos e mucos são encaminhados para o intestino, onde sofrerão a ação de enzimas digestórias e onde ocorrerá a maior parte da digestão. É importante lembrar que esses animais não possuem estômago.
O sistema circulatório desses animais é formado somente por vasos responsáveis pela condução e impulsão do sangue pelo corpo. As trocas gasosas dos anfioxos são feitas através das fendas branquiais.
Os anfioxos são animais que possuem a notocorda presente durante toda a vida, servindo de apoio à sua musculatura metamerizada, que se organiza em miótomos, com forma de letra V deitada (<<<<).
São animais que possuem um tubo nervoso dorsal com ramificações para todas as regiões do corpo; e têm a capacidade de captar luminosidade através de células especializadas, além de possuírem receptores de olfato e paladar.
Os anfioxos são animais dioicos (sexos separados) que realizam fecundação externa e possuem desenvolvimento indireto (com estágio larval).